Die Hauptinseln sind Hokkaidō im Norden, die zentrale und größte Insel Honshū, sowie Shikoku und Kyūshū im Süden. Dazu kommen 6.848[3] kleinere Inseln, die sich vor allem in der Seto-Inlandsee und als Ryūkyū-Inseln konzentrieren.
Über dem gesamten Archipel verläuft eine Gebirgskette, die mehr als zwei Drittel der Landmasse Japans ausmacht. Der höchste Berg Japans ist der Fujisan auf der Hauptinsel Honshū mit 3.776 m[3] über dem Meeresspiegel.