Die gut ausgebauten Bahntrassen Japans haben eine Gesamtlänge von 23.506 km. Das entspricht Platz 11 der „Weltrangliste“ (zum Vergleich: Deutschland liegt mit 41.896 km auf Platz 6[15]). Die Ost-West-Verbindung des Shinkansen ist die Lebensader des Landes. Zu den Olympischen Spielen in Tokio wurde 1964 die erste Strecke von Tokio nach Ōsaka eröffnet. Durch Linien der sieben Nachfolgegesellschaften der privatisierten Staatsbahn JNR, durch Privatbahnen, Überlandbusse und Fähren sind die meisten Dörfer und Inseln an das Netz angeschlossen. Jede größere Stadt ist durch ein ausgeprägtes Nahverkehrsnetz mit dem Umland verbunden. Neun Metropolen haben ein U-Bahn-Netz, jede größere Stadt besitzt eine Vielzahl an Buslinien. Moderne Einschienenbahnen wurden in mehreren Städten gebaut, des Weiteren gibt es Straßenbahnen, in Nischen werden auch Peoplemover eingesetzt.
Bahn- sowie Nahverkehrsbeförderungsgebühren schwanken stark nach Region und Betreibergesellschaft, sind aber aufgrund fehlender staatlicher Subventionierung im Allgemeinen hoch.
Ein Auto besitzen in Japan in erster Linie Menschen, die auf dem Land oder in kleineren Städten leben. Da die Städte sehr dicht bebaut sind, ist zur Zulassung eines Kraftfahrzeugs ein Parkplatznachweis (Shakoshōmei) nötig. Es sind rund 45 Millionen Autos im Land zugelassen. In Wohngegenden sind die Straßen sehr eng und haben keine Bürgersteige. Deshalb gibt es im innerstädtischen Straßenbild auch kaum LKW, da nur schmale Kleintransporter die engen Straßen befahren können. Das japanische mautpflichtige Autobahnnetz umfasst rund 7000 Kilometer, weitere 2000 sind in Planung. Das Netz ist in staatlicher Hand, die Betreibergesellschaften wurden jedoch im Jahr 2005 in private Gesellschaften in öffentlichem Besitz umgewandelt und sollen eventuell verkauft werden. In Japan herrscht Linksverkehr.
Der Bau des Straßen- und Bahnnetzes gestaltet sich aufgrund des bergigen Inlands und der vielen Inseln sehr schwierig und ressourcenintensiv, da viele Tunnel und Brücken nötig sind. Darüber hinaus ist die Infrastruktur ständig durch Erdbeben, Taifune und Vulkanausbrüche gefährdet. Strom- und Telefonleitungen sind in Japan überwiegend oberirdisch geführt, bei neueren Städtebauprojekten unterirdisch. Aufgrund des Brandrisikos bei Erdbeben erfordern die in allen Stadtgebieten unterirdisch verlegten Gasleitungen besondere Aufmerksamkeit und werden oft gewartet. Gasherde und Gasboiler zur Warmwasserversorgung sind in Japan die Norm. Zur japanischen Infrastruktur gehört ein dichtes Netz an Katastrophenwarnsystemen und Rettungsinseln.
Flughafen Kansai
In Japan gibt es eine große Anzahl von Häfen und Flughäfen. Aufgrund seiner isolierten Lage wird über diese sämtlicher internationaler Warenhandel abgewickelt. Wegen der schlechten Erreichbarkeit vieler Orte innerhalb Japans werden sie aber auch zum Reisen und für inländischen Warentransport genutzt. Die größten Flughäfen sind Tokio-Haneda, Tokio-Narita, Kansai und der zur EXPO Aichi 2005 neu eröffnete Flughafen Chūbu. Da in Japan nur wenig ebenes Land zur Verfügung steht, wurden sowohl der Flughafen Kansai als auch der Flughafen Aichi auf künstlichen Inseln im Meer errichtet. Bei Kitakyūshū und bei Kōbe sind weitere Flughafeninseln im Bau.